L'idrocolonterapia viene proposta soprattutto in presenza di stitichezza cronica, meteorismo, colon irritabile e alvo alterno, caratterizzato dall'alternanza di stipsi e diarrea, ma apporta benefici anche in caso di coliti croniche, emorroidi, diverticolosi e alcune infezioni intestinali. L'idoneità al trattamento viene valutata dal medico in base alle condizioni individuali.
Durante la seduta, il paziente viene fatto accomodare su un lettino. Attraverso un dispositivo anatomico monouso, collegato a un'apposita apparecchiatura medicale, l'acqua viene introdotta delicatamente nel colon e successivamente evacuata insieme ai residui intestinali. Un massaggio manuale dell'addome accompagna il trattamento, favorendo il movimento dell'acqua e la detersione intestinale, senza dolore o spasmi.

Nei due giorni precedenti la seduta, si consiglia un'alimentazione leggera, a base di pasta o riso con verdure, carni bianche e pesce, limitando frutta e dolci e bevendo almeno due litri d'acqua al giorno. Il protocollo preparatorio prevede inoltre, nelle due sere precedenti, l'assunzione di un preparato a base di fibre oppure sale inglese disciolto in acqua, secondo indicazione medica.
Il giorno del trattamento è consigliata una colazione leggera, a base di acqua, tè o tisane, mantenendo gli eventuali farmaci abituali salvo diversa prescrizione. Per le sedute pomeridiane è previsto un pranzo leggero con pasta e verdure cotte. Nei giorni successivi al trattamento è consigliata l'assunzione di fermenti lattici per almeno dieci giorni.